Gegen den Willen ihrer Eltern besucht sie mit 15 Jahren zuerst ein Lyzeum in Potsdam bevor sie dann auf ein Jungengymnasium in Berlin wechselt, wo sie als einziges Mädchen ein brillantes Abitur schafft. Nach Aufenthalten in Amerika und Ostafrika fängt sie in Frankfurt ein Studium der Volkswirtschaft an. 1935 promoviert sie in Basel mit „summa cum laude“ eine Arbeit die über das Zustandekommen und die Bewirtschaftung des Grundbesitzes ihrer Familie berichtet. 1937 kehrt sie nach Ausbruch des Krieges nach Schloss Friedrichstein aus weiteren Aufenthalten in Ostafrika zurück und übernimmt das Schloss als letzte Herrin. Sie begibt sich in die Widerstandsbewegung gegen Hitler.

Nun gehört sie zum „Kreisauer Kreis“ von Graf von Moltke und Peter Graf Yorck. Sie beschäftigt sich hauptsächlich mit den Aufgaben der Vermittlung von Kontakten zwischen Ostpreußen und Berlin. Außerdem hilft sie bei der Planung der staatlichen Neuordnung Deutschlands nach der Beendigung der Nazidiktatur. Nach dem gescheiterten Attentat vom 20 Juli 1944 auf Adolf Hitler gerät sie selbst in große Bedrängnis, doch mit viel Glück kann sie sich den laufenden Nachforschungen entziehen. Im Januar 1945 rückt die Rote Armee immer näher. Marion Dönhoff muss fliehen, sie findet bei Freunden in Westfalen eine vorübergehende Bleibe. Am 20.07.1945 erscheint eine von ihr veröffentliche Dokumentation über ihre Freunde vom 20. Juli, der Widerstandsbewegung die von der früher existierenden Nazi-Propaganda verfälscht worden war, ins richtige Licht zurücken. 1946 beginnt sie als Redakteurin für den Bereich Politik bei der neuen Wochenzeitung „Die Zeit“.

Doch 1954 verlässt sie kurzzeitig aus Protest wegen eines Artikels des in der Nazidiktatur propagandistischen tätigen Staatsrechtlers Carl Schmitt die Redaktion. Nach einiger Zeit als Journalistin in den USA und London, kehrt sie schließlich 1955 in die Redaktion zurück. Sie beteiligt sich am Aufbau der „Zeit“ und wird somit folgerichtig 1968 zur Chefredakteurin der Zeit ernannt.

Sie unterstützt in zahlreichen Artikeln Willy Brandt und seine Bemühungen der Aussöhnung mit dem Osten. Für ihre Würdigungen der Politik, Versöhnung und Verständigung zwischen Westen und Osten, mehr noch für ihre „Lebensarbeit für die Idee des Zusammenlebens der Völker ohne Gewalt“ erhielt sie 1971 den Friedenspreis des Deutschen Buchhandels.

1972 wird sie mit dem zur Zeit ernannten Bundeskanzlers Helmut Schmidt und Dr. Theo Sommer Herausgeberin der Zeit. Außerdem gründet sie eine Stiftung zur Hilfe von Intellektuellen aus Ostpreußen womit sie ihnen einen Studienaufenthalt in Deutschland ermöglicht.

1992 ist sie in ihrer Heimatstadt Königsberg bei einer Original zerstörten und nun neu gegossenes Kant-Denkmal anwesend, wozu sie auch die nötigen Gelder gespendet hat.

1995 wird in Mikolaiki die erste Schule nach ihrem Namen benannt „Lyzeum Marion Dönhoff“.

Am 11. März 2002 stirbt Marion Dönhoff im Alter von 92 Jahren.